制度化代表了秩序化、僵硬化、教条化，而非制度化则突破这种秩序和教条，为儒家的发展注入活力——这不仅是儒家，也是一切思想学术所面临的共同命运——而儒家的这种自我更新往往又会再次被制度化（这中间当然也有不被制度接受者，这便是真正的“异端”），陷入“制度化——（制度外的）自我更新——制度化”的循环运动之中。而在这种运动中，儒家的价值理念不断渗透到制度的设计、安排中，发挥其对制度的反作用。
对于儒家的制度化、意识形态化，后世学者或着力抨击或有意回避，似乎是儒家一段不光彩的经历。其实，儒家与政治权力的结合，既是由它自身的思想性格（强烈的经世观念，游说帝王的行道方式）所决定，也与当时的社会形势密切相关。儒家与权力结合，使它获得其他学派不可能具有的影响和地位，在一种体制化的保障下完成其“正人心，美风俗”的功用，诚如元代思想家曹元用所说：“孔子之教，非帝王之政不能及远；帝王之政，非孔子之教不能善俗。教之不能远，无损于道；政之不能善俗，必危其国。”但不可否认的是，这种结合也使儒家不得不付出某种代价，“一种思想与权力的结盟而获得独尊的地位，意味着思想自由发挥的时代的结束。”
由于儒家是依附于官僚制度来完成其制度化的，所以随着官僚制度的消亡，制度化儒家便无可挽回地解体了。但正如我们前面分析的，制度化儒家不过是儒家的一个部分，而并非全部。就儒家而言，它更像是一种“两栖”的存在，既处于“庙堂之高”，也处于“江湖之远”；既是一种钦定的官方哲学，统一的意识形态，也是一种流动、变化的思想学说，一种“安身立命”的精神家园；既是一种制度化的存在，又具有制度化所不能容纳的丰富内涵。所以制度化儒家的解体不过是儒家脱去了其僵死的躯壳，而并非意味着儒家自身的终结。贺麟先生当年曾针对五四新文化运动“打倒孔家店”分析说：“五四时代的新文化运动，可以说是促进儒家思想新发展的一个大转机。表面看，新文化运动是一个打倒孔家店、推翻儒家思想的一个大运动。但实际上，其促进儒家思想新发展的功绩与重要性，乃远远超过前一时期曾国藩、张之洞等人对儒家思想的提倡。”“新文化运动的最大贡献在于破坏和扫除儒家的僵化部分的躯壳的形式末节，及束缚个性的传统腐化部分。它并没有打倒孔孟的真精神、真意思、真学术，反而因其洗刷扫除的功夫，使得孔孟程朱的真面目更是显露出来。”孔孟的真精神既然没有被打倒，也不可能被打倒，那么在脱去儒家“僵化部分的躯壳”后，如何与科学、民主的理念相结合便理应成为新文化运动的一个重要内容。然而由于历史的机缘，这一关系中华民族百年大计的事业竟早早夭折，中华民族的文化建设也由此经历了种种曲折。今天我们重新来关注儒家这个“游魂”，就决不仅仅是发思古之幽情。干春松的研究告诉我们，儒家要重新进入社会生活，发挥其牵引人心的教化作用，就决不能走以往制度化的老路。儒家的未来不在于官场，而在于民间。儒家如何与中国人的日常生活相结合，如何与权力保持一种紧张与互动，如何对主流意识形态的僵化变质进行拨正批判，如何在民间社群中寻找其新的制度化形式，这是儒家重新获得生存权必须面对的问题，也是干著给我们的最大启示。
干春松教授的新著《制度儒学》是他继《制度化儒家及其解体》（2003）之后的又一部著作，是他最近几年在这个问题上的思考与研究的最新成果。这两本书对于儒学的扭曲发展的研究是深刻的。