漕运起源很早，秦汉秦始皇攻匈奴时，从山东向北河（今内蒙古乌加河一带）转运粮食；攻南越时，令监禄凿灵渠沟通湘江与西江水系运粮。楚汉相争，萧何将关中粮食转漕前线以供军食，对汉军的胜利起了重大的保证作用。
西汉定都长安后，每年需从关东运输大量谷物以满足关中地区贵族、官吏和军队的需求，转漕逐渐制度化。汉初，每年运量为几十万石。武帝初年，增到一百多万石，以后又增到四百万石。元封元年（前110），根据桑弘羊的建议，令民纳粟补吏、赎罪，各农官又多增产，政府掌握的粮食大增，漕运一度增到每年六百万石，一般则仍保持在每年四百万石左右。漕运用卒达六万人。由各地护漕都尉管理，沿途县令长也有兼领漕事的。漕粮则输入大司农所属的太仓。此外，在武帝连年用兵和开发西南时，对军队所需的粮食也都进行了费用浩大的转漕运输，甚至漕转一石，沿途要耗费十余钟粮食，大大加重了人民的负担。
漕转关中，费用浩大，需时很长，动员人力很多，特别是漕船要经过黄河
三门峡砥柱之险，粮食损耗很大。为此，西汉政府曾先后采取过多种改进办法。其中收效最大的是漕渠的开通。武帝元光六年（前129），根据大农郑当时的建议，用三年时间，沿秦岭北麓开凿了与渭河平行的人工运河漕渠，使潼关到长安的水路运输的路程和时间大大缩短，运输费用从而减少，沿渠民田也能收到灌溉之利。这是汉代一项重要的水利工程。此外，宣帝时耿寿昌建议籴三辅、弘农、河东、上党、太原之粟以供京师，这种做法，对缩短漕运路线，减少漕运压力，避开砥柱之险，起了良好的作用。
东汉建都洛阳，从山东、河北、江淮等地转漕粮食到京师，路程较近，又不需经过砥柱之险，改善了漕运困难的局面。因此光武帝初年省罢了护漕都尉。但此时漕运事业仍有一定的发展。光武帝建武二十四年（公元48）在洛阳南修阳渠引洛水以为漕。明帝永平十二年（公元69）王景治河，自荥阳（今荥阳县东北）到千乘（今山东高青高苑镇北）海口，筑堤修渠，使新莽始建国三年（公元11）黄河徙道后混流的黄河、汴河分流，便利了南来的漕粮自淮河入汴，北来的漕粮循河、洛而西，使京师粮食供应不忧匮乏。这是东汉漕运事业的最大成就。此外，如光武帝时王霸击匈奴，曾从温水（即漯余水，流经今北京北）漕运军粮，安帝时虞诩为武都太守，在沮（今陕西略阳东）、下辩（今甘肃成县西）间数十里烧石剪木开漕船道等，也都改善了各该地区粮食运输紧张的状况。
隋初除自东向西调运外，还从长江流域转漕北上。隋炀帝动员大量人力开凿通济渠，联结河、淮、江三大水系，形成沟通南北的新的漕运通道，奠定了后世大运河的基础。
唐、宋、元、明、清历代均重视漕运，为此，疏通了南粮北调所需的网道，建立了漕运仓储制度。咸丰五年（1855）黄河改道，运河浅梗，河运日益困难 ，随商品经济发展 ，漕运已非必需 ，光绪二十七年（1901）清政府遂令停止漕运。历代漕运保证了京师和北方军民所需粮食，有利于国家统一，并因运粮兼带商货，有利于沟通南北经济和商品流通；但它又是人民的一项沉重负担，运费代价过高，尤以漕运徭役，征发既众，服役又长，以至失误农时，故亦有众多弊端。
自秦始皇统一中国后，转漕问题就是运东方的粮食以实长安，从全局来看，最重要的转运中心在中原，因此秦政府即建全国最大的粮仓——敖仓于成皋（今河南荥阳西五里）。西汉时东方的粮谷多从此西运，东汉时置敖仓官，属河南尹管辖。