汉初统治者为医治秦末苛政、战乱造成的社会民生极度凋敝的状况，采用了简政约法、无为而治、与民休息的方针政策，以恢复社会的生机。与此相应，在文化思想上则主要是推崇和提倡黄老道家学说。这种情况一直延续到汉武帝时才有所变化。不过，这并不是说儒学在汉初社会中一点也没有起作用。儒学在传授历史文化知识方面，对汉初社会仍然是很有影响的。儒家所推崇的历史文献——“六经”的教授和研究，也是得到官方的肯定和重视的。荀子的学说在汉初儒家中影响很深，“六经”中的《诗》《易》《礼》《乐》等学，都有荀学的传承。同时，荀子作为先秦诸子和儒家各派学说的集大成者，他那广采各家学说之长的学风，对汉初思想的开展也有很大的影响。
如，西汉大儒董仲舒的学说中，不仅接受和发扬了荀子关于礼法并重、刑德兼用的理论，而且还大量吸收了墨家“兼爱”、“尚同”的理论，乃至墨家学说中某些带有宗教色彩的思想。而更为突出的是，在他专攻的春秋公羊学中，充满了阴阳家的阴阳五行学说，并使阴阳五行思想成为汉以后儒家学说中的一个重要组成部分。班固在《汉书·五行志》中说：“董仲舒治公羊春秋，始推阴阳，为儒者宗”，就清楚地指出了这一事实。董仲舒曾向汉武帝建议：“诸不在六艺（六经）之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。”（《汉书·董仲舒传》）这是以后武帝推行“罢黜百家，独尊儒术”方针的重要根据。但必须指出的是，董仲舒这里所说的“孔子之术”，显然已经不是原来的孔子学说，也不是原始儒家学说，而是经过他和汉初其他儒家学者发展了的，吸收了墨、道、名、法、阴阳等各家学说之长的，董仲舒心目中的“孔子之术”。
董仲舒对于儒学的发展不仅在于学理方面，而更在于他把儒学推向政治制度化和宗教化的方向。董仲舒研究的春秋公羊学，是一种密切联系社会现实的学说。公羊学认为，《春秋》经所载对于各类社会事件的判断和对于历史人物的评价，都具有某种法典的意义，可以作为当今社会（汉王朝）判断各类事件和评价人物的依据和范例。这也就是当时社会上相当流行的所谓“春秋断狱”说。由此，他们进一步又认为，《春秋》经中所说的“三统”、“三正”、“三世”等理论，都是为汉王朝的建立作论证的；而《春秋》经中所提到的各种礼义法度也都可以为汉王朝所效法。于是，董仲舒作《春秋繁露》，藉以揭示孔子作《春秋》之宏旨及其包含之微言大义。他认为，“《春秋》修本末之义，达变故之应，通生死之志，遂人道之极者也”。（《玉杯》）“《春秋》记天下之得失，而见所以然之故，甚幽而明，无传而著，不可不察也。”（《竹林》）所以，他引述子夏的话说：“有国家者不可不学《春秋》。不学《春秋》则无以见前后旁侧之危，则不知国之大柄、君之重任也。”（《俞序》）董仲舒的这些观点在当时是很有影响的，如司马迁在谈到《春秋》时就明确表示说：“余闻董生曰。”同时，他也竭力强调说：“有国者不可以不知《春秋》，……为人臣者不可以不知《春秋》。……为人君父而不通于《春秋》之义者，必蒙首恶之名；为人臣子而不通于《春秋》之义者，必陷篡弑之诛、死罪之名。”（《史记》“太史公自序”）无怪乎当时就流传着所谓孔子作《春秋》“为汉帝制法”的说法。
《春秋》被认为是孔子所作，而孔子所作的《春秋》又居然是为汉王朝制订礼义法度，那么孔子应当放在什么地位上呢？董仲舒与汉儒们想出了一个绝妙的称号：“素王”，即一位没有实际王位的王。这样，儒学就开始与当时实际的社会政治制度联系了起来。不过，这在董仲舒时代仅仅是一个开始而已，直至东汉章帝时，由皇帝亲自主持召集大儒们举行了一次“白虎观”会议，会后由著名学者班固整理纂集，公布了一个官方文件：《白虎通德论》，这才真正完成了把儒家一部分主要学说转变为实际的社会政治制度的律条，以及社会全体成员共同必须遵循的道德规范。从此以后，儒学已不再是单纯的伦理道德修养和政治理想的学说了，而是同时具有了一种社会制度方面的律条的作用。
与儒学政治制度化发展过程的同时，两汉时期也出现了一股把儒学宗教化的倾向。在董仲舒和当时流传的纬书中，不断地把“天”描绘成儒学中至高无上的神。如董仲舒说：“天者，百神之大君也。”（《春秋繁露·郊祭》），并且竭力宣扬天是有意志的，能与人相感应的，而王者是“承天意以从事”的等等一整套宗教神学理论。孔子是儒学的创始人，自然也就成了教王。为了神化教主，在当时流传的大量纬书中，不仅把孔子说成是神的儿子，而且把他的相貌也描绘成与一般凡人极不相同的怪模样[5]。同样，为儒家所推崇的历代圣人，如尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公等，在纬书中也统统被装扮成了与众不同的神。又，这些纬书都是以神话和神秘化了的阴阳五行说来附会地阐释“六经”以及《论语》《孝经》、“河图”、“洛书”等，这些也可以视作是配合当时儒学宗教化所需要的儒教经典。再有，由秦汉以来逐步完备起来的儒家礼仪制度（可参看《礼记》中的“冠义”、“婚义”、“乡饮酒义”、“聘义”、“祭义”等篇的内容），也为儒学的宗教化准备了仪式上的条件。从两汉儒学发展的历史看，儒学的宗教化是与儒学的政治制度化密切相关的，是同步进行的，前者是为使后者得以成立和巩固服务的。
儒学社会政治层面功能的形成和加强，同时也就减弱了儒学作为一般伦理道德修养和政治理想层面的作用。在原始儒学那里，它是通过道德教育、理想教育去启发出人们遵守道德规范、追求理想社会的自觉。所以，儒学对于士大夫们的修身养性具有重大的意义和作用。可是，当儒学的一些主要内容被政治制度化以后，它就成了不管你自觉与否，自愿与否，都必须遵守的外在规范，因而它的修养意义和作用就大大地被减弱了。这样，儒学制度化方面的成功，却成了它在道德修养功能方面走向衰危的契机。
到了汉末，政治制度化了的儒学礼教（名教），一方面成为束缚和压制人的自然感情的东西，一方面又成了那些伪君子沽名钓誉的工具，因而引起了人们的强烈不满。玄学乘此流弊而起，调和名教与自然（性情）的矛盾，而其中又都强调以“自然”为本。并且在理论学说上，玄学也明确地提出了“道明其本，儒言其用”（《后汉书》卷十二“袁宏曰”）。所以，自从玄学诞生以后，儒学尽管在政治制度层面仍然保持着它的统治地位，而在思想修养层面的功能，却已为玄学或道家（以及道教）所取代。东晋南北朝以后，以至于隋唐时期，佛教思想的影响又超过了玄学，在士大夫的思想修养方面起着重要的作用。所以，从魏晋南北朝至隋唐五代末的约七百年间，儒学只有那些体现为政治制度化方面的东西，在统治阶层的维护下继续起着作用。
尽管这一时期儒学文献方面的研究也并没有中断，但像唐朝孔颖达编纂的《五经正义》之类的著作，除延续汉儒和玄学家的观点外，并没有多少新意。所以，儒学在人们的思想修养方面，也发挥不出多大的作用。后人在评论儒释道三教的社会功能时，常说：“以佛治心，以道治身，以儒治世。”（宋孝宗赵昚语，转引自刘谧著《三教平心论》卷上）这种说法从一个角度反映了在相当长的一段历史时期中，佛道的学说在人们的修身养性方面所起的作用远比儒学为大。
两汉时期儒学性格的重大变化，以及由此而发生的儒学的两个层面的社会功能的消长等，值得进一步深入研究和思考。