建院以来，南京博物院主持编撰了文博、考古图书百余部。其中上世纪30年代曾昭燏、李济的著述《博物馆学》奠定了中国博物馆学的基础。进入新时期以来编撰出版的《南京博物院藏宝录》、《新沂花厅——新石期时代遗址发掘报告》、《南京博物院文物博物馆考古文集》、《中国清代官窑瓷器》、《南京博物院藏名画欣赏》、《南京博物院藏明清肖像画》 、《吴文化国际学术研讨会论文集》等都受到学界好评。
随着现代信息技术的飞速发展，人类文明快速进入全球化和信息化的新时代，互联
网等技术手段也在变革着人们利用博物馆的方式。1999年，南京博物院成立了信息中心。在规划、建设、维护本院的信息网络和通信网络系统的基础上，建立文化遗产信息管理系统，承担文博信息化科研工作。自建立以来在文博信息化建设方面取得了较多的成果，推动南京博物院进入了国内博物馆信息化建设的先进行列。2003年，设计、开发的南京博物院网站荣获文化部、团中央、国家信息化推进工作办公室、新华社和《人民日报》等十家单位联合颁发的“全国优秀文化网站”称号。完成了承担的国家“十五”科技攻关课题——“大遗址保护中虚拟现实技术的应用研究”的科研工作。信息中心还受到许多文博机构的邀请，协助数十家博物馆完成了信息化、多媒体展览的规划、设计。[1]