上个世纪30、40年代，一批著名专家学者云集南京博物院，如李济、吴金鼎、夏鼐、曾昭燏、王天木等，他们或独立、或与中央研究院合作，对四川、云南、贵州、甘肃、新疆等地的民族、民俗、古迹、民间艺术，进行调查、发掘和研究，主持或参与了云南苍洱地区考古发掘、四川彭山崖墓考古发掘、河南安阳殷遗址考古发掘、山东日照两城镇龙山文化城址考古发掘等。通过收购、拨交、发掘，曾一度集中了全国的一流珍品二三十万件，其中包括绘画中的《历代帝后像》、《唐明皇幸蜀图》，铜器中的毛公鼎、司母戊鼎等稀世国宝。
上世纪50年代初，南京博物院作为华东文物工作队的主要组成，曾在江苏、福建、浙江、安徽、山东等地主持或参与发掘了一批文化遗址和墓葬，曾昭燏、尹焕章、赵青芳等主持发掘的南唐二陵、青莲岗遗址等大批墓葬都颇具影响。1954年后，考古调查和发掘工作以江苏境内为主。